In der Phytotherapie oder Pflanzenheilkunde, einem der ältesten Therapieverfahren, werden Beschwerden mithilfe von Pflanzenwirkstoffen behandelt. Die Pflanzen werden als Frischpflanzen oder Extrakte eingesetzt, die auch zu Tees, Kapseln, Tropfen oder Salben weiterverarbeitet werden können. Hinsichtlich der Wirksamkeit gibt es sowohl bei den einzelnen Pflanzen als auch bei Präparaten große Unterschiede; generell haben pflanzliche Präparate jedoch ein breiteres Wirkungsspektrum und weniger Nebenwirkungen als synthetische Medikamente. Sonderformen der Phytotherapie, die sich über Jahrtausende entwickelt haben, sind ein wichtiger Bestandteil der TCM (Traditionelle Chinesische Medizin) und der Ayurvedischen Medizin in Indien.

Die Phytotherapie ist, wie die Homöopathie, eine spezielle Therapierichtung, die neben naturwissenschaftlichen Bewertungsmaßstäben auch vorhandenes Erfahrungsmaterial heranzieht. Man unterscheidet die rationale und allopathische Phytotherapie, die auf der naturwissenschaftlich begründeten Medizin basiert, von der traditionellen Phytotherapie, die sich aus der Volksheilkunde entwickelt hat. Die rationale Phytotherapie erhebt den Anspruch, kausal und symptomatisch der Krankheit entgegenzuwirken, während die traditionelle Phytotherapie sich auf überlieferte Erfahrungen stützt.

Anders als in der Homöopathie lässt sich die Wirkungsweise der Phytopharmaka innerhalb des naturwissenschaftlichen Weltbildes erklären. Ein wichtiger Unterschied diesbezüglich ist die Dosis-Wirkungsbeziehung. Je höher in der Phytotherapie die Dosis, desto stärker ist auch die Wirkung, während es sich in der Homöopathie genau umgekehrt verhält.